تضم جامعة مؤتة بجناحيْها العسكري والمدني 18 كلية، وهي على النحو الآتي:
كليات وأقسام الجناح العسكري
يضم الجناح العسكري في جامعة مؤتة 3 كليات، تضم كل منها تخصصات مختلفة وهي كما يأتي: [١]
- كلية العلوم العسكرية
يتخرّج الطالب من كلية العلوم العسكرية حاملًا درجة البكالوريوس في العلوم العسكرية برتبة ملازم ثاني، وبإحدى التخصصات الأكاديمية الآتية:
- التاريخ.
- الرياضيات.
- اللغة الإنجليزية.
- الإدارة العامة.
- قانون جيش.
- محاسبة.
- الجغرافيا.
- الحاسوب.
- كلية العلوم الشرطية
يتخرّج الطالب من كلية العلوم الشرطية حاملًا درجة البكالوريوس في العلوم الشرطية برتبة ملازم ثاني، وبإحدى التخصصات الأكاديمية الآتية:
- القانون.
- الإدارة.
- الحاسوب.
- المحاسبة.
- اللغة الإنجليزية.
- كلية الأميرة منى للتمريض
تحتوي كلية الأميرة منى للتمريض على 3 أقسام كما يأتي:
- قسم التمريض السريري.
- قسم تمريض الأمومة والطفولة.
- قسم تمريض صحة المجتمع.
تطرح كلية منى للتمريض في هذه الأقسام البرامج الدراسية المعتمدة الآتية:
- بكالوريوس تمريض.
- الدبلوم العالي في التمريض/القبالة.
- برنامج التجسير لخريجي كلية الخدمات الطبية الملكية الدبلوم في التمريض المشارك (سنتان).
- برنامج الماجستير في تمريض الأطفال.
كليات وأقسام الجناح المدني
يحتوي الجناح المدني في جامعة مؤتة على 15 كلية، تضم كل منها أقسامًا وتخصصات مختلفة كما يأتي: [٢]
- كلية الطب
تضم كلية الطب الأقسام الآتية:
- التشريح وعلم الأنسجة.
- الكيمياء الحيوية وعلم وظائف الأعضاء.
- الصحة العامة وطب المجتمع.
- الأطفال.
- الطب الباطني والطب الشرعي.
- علم الأحياء الدقيقة وعلم الأمراض.
- النسائية والتوليد.
- علم الأدوية.
- الجراحة الخاصة.
- الجراحة العامة والتخدير.
- كلية الصيدلة
تضم كلية الصيدلة الأقسام الآتية:
- الكيمياء الصيدلانية.
- الصيدلانيات والتقنية الصيدلانية.
- التجميل ومستحضرات التجميل.
- كلية التمريض
تضم كلية التمريض الأقسام الآتية:
- تمريض صحة البالغين.
- تمريض صحة المجتمع والصحة النفسية.
- تمريض صحة الأم والطفل.
- كلية الهندسة
تضم كلية الهندسة الأقسام الآتية:
- الهندسة الكهربائية.
- الهندسة الميكانيكية.
- الهندسة المدنية والبيئة.
- الهندسة الكيميائية.
- هندسة الحاسوب.
- هندسة النظم الصناعية.
- هندسة العمارة.
- كلية العلوم
تضم كلية العلوم الأقسام الآتية:
- الرياضيات والإحصاء.
- الفيزياء.
- العلوم الطبية المخبرية.
- الكيمياء.
- العلوم الحياتية.
- كلية تكنولوجيا المعلومات
تضم كلية تكنولوجيا المعلومات الأقسام الآتية:
- علم الحاسوب.
- علم البيانات.
- هندسة البرمجيات.
- نظم المعلومات الحاسوبية.
- كلية الزراعة
تضم كلية الزراعة الأقسام الآتية:
- الإنتاج النباتي.
- الإنتاج الحيواني.
- التغذية والصناعات الغذائية.
- الوقاية والمكافحة المتكاملة.
- كلية الآداب
تضم كلية الآداب الأقسام الآتية:
- اللغة العربية وآدابها.
- اللغة الإنجليزية وآدابها.
- قسم اللغات الأوروبية.
- كلية الأعمال
تضم كلية الأعمال الأقسام الآتية:
- إدارة الأعمال.
- المحاسبة.
- التسويق.
- الإدارة العامة.
- نظم المعلومات الإدارية.
- العلوم المالية والمصرفية.
- اقتصاديات المال والأعمال.
- كلية الحقوق
تضم كلية الحقوق الأقسام الآتية:
- قسم القانون العام.
- قسم القانون الخاص.
- كلية العلوم الاجتماعية
تضم كلية التمريض الأقسام الآتية:
- الآثار والسياحة.
- علم الاجتماع.
- التاريخ.
- العلوم السياسية.
- الجغرافيا.
- كلية الشريعة
تضم كلية الشريعة الأقسام الآتية:
- الفقه وأصوله.
- أصول الدين.
- كلية العلوم التربوية
تضم كلية العلوم التربوية الأقسام الآتية:
- الإرشاد والتربية الخاصة.
- علم النفس.
- الأصول والإدارة التربوية.
- المناهج والتدريس.
- كلية علوم الرياضة
تضم كلية علوم الرياضة الأقسام الآتية:
- قسم التربية الرياضية.
- قسم التأهيل الرياضي.
- قسم التدريب الرياضي.
- كلية الدراسات العليا
- تضم كلية الدراسات العليا أقسامًا في برنامجي الدكتوراه والماجستير على النحو الآتي:
- برامج الدكتوراه
يضم برنامج الدكتوراه الكليات الآتية:
- الآداب.
- العلوم الاجتماعية.
- الشريعة.
- العلوم التربوية.
- الحقوق والأعمال.
- برامج الماجستير
يضم برنامج الدكتوراه الكليات الآتية:
- تكنولوجيا المعلومات.
- الآداب،.
- الحقوق.
- العلوم.
- الشريعة.
- العلوم الاجتماعية.
- العلوم التربوية.
- العلوم الزراعية.
- العلوم الرياضية.
- الهندسة.
- الطب.
- التمريض.
- البرامج المشتركة ماجستير.